Podczas realizacji e-recepty dodano ważne ostrzeżenie dotyczące zasadności wydania leku refundowanego. W pobieranym przez program dokumencie e-recepty znajdują się zarówno nazwa zaordynowanego leku, jak i jego kod EAN/GTIN. Przedmiotowe ostrzeżenie dotyczy przypadku, gdy lekarz wystawiając e-receptę wybrał lek, którego kod EAN nie został umieszczony przez Ministra Zdrowia w aktualnym Obwieszczeniu w sprawie wykazu leków refundowanych, a jednocześnie z wprowadzonej przez lekarza formy odpłatności wynika, że jego intencją było zaordynowanie leku refundowanego. Wówczas program proponuje wydanie leku zaordynowanego (lub jego ewentualnego zamiennika) z pełną odpłatnością pacjenta (100%). Taka decyzja programu może spowodować rezygnację pacjenta z realizacji tej e-recepty, by ponowić próbę w Aptece konkurencyjnej. Dlatego aby nie narażać na stratę finansową Aptek (tych posiadających „żyłkę hazardową”), pozostawiono Farmaceucie możliwość wydania leku z formą odpłatności wskazaną przez lekarza w sposób niezgodny z Obwieszczeniem refundacyjnym.
